1996-2000年是东莞水利建设的重要时期，水利从“农业的命脉”转化为“国民经济的基础设施和基础产业”，越来越显现出其在确保人民生命财产安全和发展社会生产力中的重要地位。这段时期中，东莞水利主要经历了“达标建设”和“水利现代化”两个阶段： 
    达标建设：1996年，省政府颁发了《关于搞好水利工程安全达标建设的通知》(粤府[1996]48号)，决定在全省开展水利工程安全达标建设；1997年至1998年，东莞市上马了一批如挂影洲围加固工程、寒溪河下游整治工程、长安海堤达标建设、塘厦观澜河整治、沙田立沙联围海堤建设、大圳埔排站重建、南余朗排站扩建等重点工程项目，较大程度地提高了东莞市水利设施的防洪和排涝能力。  
    水利现代化建设：1998年长江特大洪水后，全国各地掀起了大搞水利建设的热潮。东莞市为进一步落实率先基本实现水利现代化的措施，揭开了建设百里东江大堤、百里海堤和整治百里东引河的“三个一百”工程的序幕，推动了全市水利现代化建设的进程。  
    据统计，1996-2000年，全市共投入水利建设资金12.65亿元，其中省投资0.48亿元，市财政4.14亿元，镇区自筹8.04亿元。共完成大小水利工程2169宗，土方3662万立方米，石方256.7万立方米，砼方44.82万立方米，具体见附表（一）。建成了一批水利重点工程，架构起东莞市高标准的水利设施体系（见附表二），为东莞市率先基本实现现代化提供强有力的水利设施保障。 

    首期达标建设工程：梨川至柏洲边堤段，全程5公里，重建樟村水闸总投入资金4411.2万元。总工程量：土方10.32万立方米，水泥浆砌石1.11万立方米，混凝土4.91万立方米。工程规模：在原有基础上再加高1.5米，堤顶宽20.2米，其中水泥路面15米。４车道加两边2×2.6米人行道护栏杆，配套绿化及小型景观江滨公园，建成一道堤路结合东江沿岸风景线。工程于1999年8月竣工。 
    二期达标建设工程：连接首期工程从柏洲边至峡口水闸，全程2.88公里。计划投入资金3500万元。总工程量：土方36.271万立方米，石方0.072万立方米，混凝土3.967万立方米。工程规模：堤顶宽20.2米，其中水泥路面15米，两边各2.6米人行道，配套绿化。工程内容：两边堤脚沉井作基础，钢筋混凝土作挡土墙护岸，堤身筑土堤，迎水坡水泥预制块护坡，堤内坡植草皮。工程从1999年12月1日动工，预计2001年底竣工。目前，工程正紧张施工。  
    三期达标建设工程：由峡口水闸至石龙黄家山桥，全程6.345公里，这期工程的测量、预算、规划等前期工作全部完成，市政府批复由东城、石龙、茶山三镇区分段负责施工（其中：东城2.082公里、茶山0.918公里、石龙3.305公里）。工程规模：堤顶水泥路面４车道15米宽，另设2×2.6米人行道，总堤面宽为20.2米。工程内容：鳌峙塘地段原内堤改为外堤，堤线沿江边布置，长约1.7公里，并在该段设置１万立方米的防汛备料场。沿东江边护岸。堤后填塘固基。坝身土方填筑，拆迁征地，线路迁移、青苗赔偿等。工程量：土方186万立方米，石方1.1万立方米，混凝土11.4万立方米，征地156亩，房屋拆迁8.330平方米，线路迁移7公里。  

    东莞市现有海堤16条共272公里，其中：一级堤42.6公里，二级堤75.1公里，三级堤154.6公里。由于这些海堤建于五、六十年代，加上年久失修、风浪侵蚀、深槽迫岸，海堤的防御能力受到严重影响。1999年9月23日在“向国庆献礼、百项重点工程奠基礼”上，市主要领导赴沙田镇亲自主持了开工仪式，拉开了“建设百里金堤”的序幕。 
    海堤达标建设总投入1.6亿元，其中市投入8794万元，沿海各镇总投入7215万元，计划建设沿海的长安、虎门、沙田、洪梅、望牛墩、麻涌等六镇海堤117.72公里。其中一级堤42.62公里,二级堤75.11公里(具体情况附表三)。整个工程项目计划用两年的时间完成。 

    东引河整治工程是东莞市“三个一百”工程之一。 
    主要项目包括 
    (一)改建磨碟口水闸； 
    (二)重建镇口水闸； 
    (三)改建镇口节制闸； 
    (四)河道清淤； 
    (五)河堤加固等项目，总投资8007.5万元。其中镇口水闸于2000年10月动工，计划在2001年7月完成。其它工程正在紧张施工中。 
    进入90年代，东莞市水利管理工作改革不断深化，按照国家《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国防洪法》及其他水法规和规章，实行依法治水、管水，全面加强工程管理。至1995年6月，全市水利工程用地的定权发证工作已全面完成，共登记水利工程土地面积4.19万亩，办理国土使用证48个，有效地保障了水利工程用地和管理单位的合法权益。水利工程基本建设实行招标制、项目管理合同制和工程质量监理制。水利工程管理人员实行持证上岗，还通过兴办示范点，逐步推行一库制、一堤制、一闸制，以此作为新形势下建立水利工程管理自我发展机制的一项新举措。目前，全市已涌现出横岗水库、水濂山水库、东莞大围、长安联围、峡口水闸等一批社会效益和经济效益较好的水利工程。  
    全市共有水库132座，总集雨面积297平方公里，总库容3.53亿立方米，有效灌溉面积10.84万亩，年总供水量达3.26亿立方米。1997年-2000年，共投入资金9350.91万元，其中省投资2463万元，共完成76宗水库建设，完成土方218.77万立方米，石方12.73万立方米，砼方5.02万立方米，具体见附表（四）。东莞市水库大多数兴建于六、七十年代，建设标准低，工程设施老化。进入九十年代以来，加快了对中小型水库进行除险加固和安全达标建设的步伐，即中型水库按100年一遇设计，1000年一遇校核；小(一)型水库按50年一遇设计，500年一遇校核；小(二)型水库按30年一遇设计，300年一遇校核。通过多渠道筹集资金，加强除险加固和安全达标力度，提高水库工程效益。同时按照省水利厅提出“一库制”建设的要求，立足于把水库建成基地型、示范型，做到管理机构健全，工程完整安全、环境优美、效益显著。 
市防汛、防旱、防风指挥部办公室是三防指挥部的常设机构，副处级建制。设在水利局，主要负责掌握全市洪、涝、风、旱等灾情处理；防洪排涝的调度；组织防洪抢险和汛期前后的工程安全检查。近年来，市三防办十分重视做好三防的各项准备工作。每年汛期及时做好三防的各项准备工作，落实防汛安全大检查 、防汛物料的储备，落实三防抢险队伍和机构，落实防汛行政首长负责制等，确保汛期安全度汛。由于三防工作落实，措施到位，东莞市已连续三十年安全度汛，没有发生较大的洪涝灾害。 
    同时，市三防办还十分重视引进先进的科技手段，提高三防工作中的科技含量，提高三防预测预报的精确度，提高三防决策水平。先后建立起全市水文遥测系统，下设二十四个遥测点，全面监控各水文遥测点的水文实时情况。还建起了卫星云图地面接收系统，及时掌握台风动态，为抗击台风提供准确的气象资料。下一步，三防办还将购买全市三防信息系统，利用先进的电脑网络和信息化手段，提高三防工作水平。 
    市防汛、防旱、防风指挥部办公室是三防指挥部的常设机构，副处级建制。设在水利局，主要负责掌握全市洪、涝、风、旱等灾情处理；防洪排涝的调度；组织防洪抢险和汛期前后的工程安全检查。近年来，市三防办十分重视做好三防的各项准备工作。每年汛期及时做好三防的各项准备工作，落实防汛安全大检查 、防汛物料的储备，落实三防抢险队伍和机构，落实防汛行政首长负责制等，确保汛期安全度汛。由于三防工作落实，措施到位，东莞市已连续三十年安全度汛，没有发生较大的洪涝灾害。 
    同时，市三防办还十分重视引进先进的科技手段，提高三防工作中的科技含量，提高三防预测预报的精确度，提高三防决策水平。先后建立起全市水文遥测系统，下设二十四个遥测点，全面监控各水文遥测点的水文实时情况。还建起了卫星云图地面接收系统，及时掌握台风动态，为抗击台风提供准确的气象资料。下一步，三防办还将购买全市三防信息系统，利用先进的电脑网络和信息化手段，提高三防工作水平。 
东莞市水资源的特点是： 
    (1)可利用水资源总量相对丰富，但本地水资源缺乏，主要依靠过境水资源。全市多年平均降雨量1772毫米,多年平均迳流量800毫米,多年平均本地水资源总量19.94亿立方米，过境东江水资源量235.4亿立方米。本地水资源量只占可利用水资源量的7.2%，人均本地水资源占有量只有504立方米。 
    (2)降雨迳流分布不均，年际间相差较大，年内相对集中。据统计分析东莞市1955－1999年，多年平均降雨1763毫米，最大年降雨量是2394.9毫米，最小年降雨量972.2毫米，最大为最小的2.46倍，年际间相差较大。年内降雨主要集中在4－9月，占全年降雨的80%以上。雨量分布呈“双峰型”。东江迳流年际变化也很大。据统计，博罗站1983年特丰水年,年平均流量是1049.5立方米/秒；1963年特枯水年，年平均流量是300.2立方米/秒。汛期迳流量占70%，枯水期10－3月只占24%。  
    (3)全市范围内水资源供需基本平衡，但各镇区供需状况不同，水质性缺水问题较普遍。近年来，受水环境恶化及咸水线上溯影响，东莞市大部分河流中水已不适合饮用，沿海片、水乡片水质性缺水已相当严重。  
    目前，全市自来水供水量中90%是东江水，各镇区中，清溪、谢岗、樟木头、大朗、黄江等镇供水以水库供水为主，东深抽水为辅，其余各镇都以抽或调东江水为主。目前，总的来说，全市供需基本平衡，但本地水资源污染严重，过分依赖东江客水，对东莞市的可持续发展将会带来影响。 
    东莞市自1997年起实行取水许可制度，统一征收水资源费，并按规定进行年审，全面推进水资源的统一管理。至2000年底，对全市479个取水户办理了取水许可登记。批准地表水取水量6.94亿立方米，地下水取水量是0.06亿立方米。 
    附表:取水许可情况统计表 单位:(万立方米)  
    年份 总取水 工业 农 业 生 活 地下水  
    1997 123969 43296 50722 29951 520  
    1998 126559 45244 50932 30383 520  
    1999 147237 77091 37413 32733 643  
    2000 141194 53222 55752 31547 673 
    东莞市于1997年成立了水政监察支队，编制9人，并在水利局下属各水利工程单位和各镇（区）水利所配备水利监察员，组成了一支共122人的水政执法队伍。水政支队成立以来，以《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国防洪法》和《中华人民共和国河道管理条例》为准绳，严格执法，查处了一批水事违法案件，纠正了水事违法行为，维持了东莞市良好的水事秩序。1999年，水政监察支队被水利部评为“水政监察规范化建设先进集体”。具体执法情况如下表： 
    年 份 总处理违法案件 其 中 清除违章（平方米）  
    立 案 现场纠正  
    97年以前 325 6 319 10395  
    98年 55 4 51 1418  
    99年 43 1 42 730  
    2000年 17 2 15 572 
    1993年，市水利局开始征收水利规费。1995年，水利规费纳入“收支两条线”管理。采取了由税务部门代收堤围防护费和“一个窗口”收费的办法，较大幅度地提高了水利规费的征收率。具体情况如下表所示:(单位:万元) 
    项 目 1995年 1996年 1997年 1998年 1999年 2000年 合 计  
    堤围防护费 1053 1699 2599 3431 3972 4563 17317  
    河道占用费 17 20 47 12 16 8 120  
    采砂管理费 50 32 15 7 5 1 110  
    船闸费 18 23 20 20 34 23 138  
    水资源费 151 451 504 428 1534  
    水利工程水费 277 511 596 1384  
    水利工程质监费 2 2